La qualità igienico-sanitaria è rappresentata essenzialmente dall'assenza di microrganismi patogeni o di qualsiasi sostanza in grado di compromettere la salute del consumatore. Si parla di sicurezza e quindi di un presupposto essenziale che dovrebbe essere assicurato affinchè un prodotto possa essere considerato alimento per l'uomo.

Si può affermare che qualità e sicurezza di un alimento non sono sinonimi. Esse identificano due proprietà completamente diverse che possono e dovrebbero coesistere ma che nella realtà non sempre sono presenti.

Il grado di priorità tra i due è diverso in quanto la sicurezza di un prodotto è legata alla sua salubrità e quindi ai suoi possibili e gravi riflessi sulla salute umana. La carenza di qualità di un prodotto normalmente non ha riflessi nocivi sulla salute umana. E' a rischio il palato del consumatore.

La sicurezza dei POA cioè la certezza di poterli consumare senza rischi per la salute, dipende da un corretto svolgimento di tutte le diverse fasi della filiera che lo ha prodotto. Nel caso della filiera di un prodotto carneo di origine animale i momenti sostanziali sono: l'allevamento, il trasporto degli animali, la macellazione, la conservazione, il sezionamento e/o trasformazione ed infine la commercializzazione. Ultimo ma altrettanto importante è la conservazione casalinga. 

I maggiori rischi alimentari sono connessi alle condizioni di allevamento e di salute degli animali e alle modalità di trasformazione e di distribuzione delle derrate. 

In allevamento molteplici possono essere gli eventi in grado di compromettere la sicurezza di un alimento. Si possono distinguere eventi involontari dovuti all'ignoranza, nel senso etimologico del termine, vedi la diffusione della BSE dovuta al'impiego delle farine di origine animale nell'alimentazione del bovino quando ancora era sconosciuto il prione, responsabile della malattia.

Oppure volontari dovuti all'uso di sostanze lecite e illecite. Tra le prime abbiamo gli antibiotici impiegati per curare ma spesso anche per prevenire la diffusione di malattie. La ragione è chiara: la concentrazione di animali negli allevamenti intensivi (lo dice il termine), che tanto ha contribuito a ridurre il costo di un alimento di origine animale, favorisce la diffusione di malattie e parassiti e quindi richiede interventi farmacologici. Un improvvido uso può lasciare residui nei prodotti con danno per la salute pubblica.

L'uso di sostanze illecite è legato alla fame di guadagno che spinge alla ricerca di scorciatoie con l'uso di prodotti in grado di modificare il metabolismo o comunque di incrementare la massa carnosa. Si parla di anabolizzanti, cortisone, e beta-agonisti che in qualche nazione sono invece permessi.

Il controllo e soprattutto la prevenzione non è semplice. L'allevatore non sempre ha il controllo di tutti i fattori impiegati perché ad esempio parte degli alimenti provengono da produttori esterni e spesso hanno origine in altri paesi con tutte le possibili conseguenze, vedi mangimi contenenti OGM.

Nel caso delle sostanze illecite si assiste ad una continua rincorsa tra controllato e controllore, con quest'ultimo purtroppo perdente. Quando sul mercato si cominciano a manifestare eventi legati all'uso di sostanze illecite scattano i controlli ma non sapendo cosa cercare si ha una finestra temporale in cui la sostanza è presente negli alimenti.

Quando finalmente la si individua ed i controlli cominciano a colpire, la sostanza illecita in esame viene abbandonata dai controllati i quali passano all'uso di un nuovo prodotto. E si riprende il giro.

Per quanto concerne la lavorazione e trasformazione i problemi sono essenzialmente di tipo igienico e qui le cose sono più semplici.

Si parla di strutture e protocolli che vengono controllati con regolarità e che in caso di eventi problematici possono essere individuati e obbligati ad interventi risolutivi, giungendo fino alla loro chiusura.

La tutela della salute pubblica avviene attraverso opportuna normativa che si sviluppa a diversi livelli. Comunità Europea, Ministero della Salute e Regioni, ASL e Servizi Veterinari. Presso il Ministero della Salute opera il Comando Carabinieri per la Sanità: quest'ultimo è articolato in una serie di Nuclei (NAS). Il Servizio Sanitario Nazionale (SSN) è stato istituito con lo scopo di garantire la tutela della salute pubblica come diritto fondamentale del singolo individuo e interesse dell'intera collettività.

L'Istituto Superiore di Sanità (ISS) è l'organo tecnico-scientifico del SSN: svolge funzioni di ricerca, di sperimentazione, di controllo, di consulenza, di documentazione e di formazione su tutto quanto concerne la salute pubblica.

A livello regionale le Aziende Sanitarie Locali (ASL) assicurano l'assistenza sanitaria collettiva con i Servizi Veterinari che sono il braccio operativo sul territorio.